Program Tahfizh Takhasus adalah program khusus yang mencetak hafiz/ah 30 juz dalam waktu 2 tahun. Dengan metode fokus menghafal tanpa KBM mata pelajran umum diharapkan santri mampu menyelesaikan hafalan 30 juz dalam 2 tahun. Sehingga di tahun ke-3 santri bisa fokus mempelajari mata pelajaran umum.

Program Boarding Takhasus adalah program unggulan yang bertujuan  mencetak hafizh/ah yang mutqin. Saat ini program Boarding Takhasus diikuti oleh 58 santriwan dan 72 santriwati. Diasuh oleh asatidzah hafizh/ah yang kompeten. Program Boarding Takhasus sudah mencetak puluhan hafizh/hafizhah yang kini tersebar di berbagai lembaga pendidikan dan kampus favorit.

Program Boarding Reguler adalah program yang bertujuan tidak hanya mencetak hafizh/ah, namun juga mencetak santriwan dan santriwati berprestasi dalam bidang akademis dan non akademis. Begitupun dengan Program Fullday Reguler.

Selain itu SMPIT Baitul Muslim Lampung Timur memliki program khusus, yaitu ISC dan Pramuka SIT. Islamic Study Club (ISC) yang bertujuan untuk membekali santri dengan ilmu agama yang mendalam, sehingga menciptakan santriwan dan santriwati yang berakhlaq mulia. Pramuka SIT adalah program yang bertujuan meningkatkan life skill dan kemandirian santri dengan mengintegrasikan ilmu agama di dalamnya.

Untuk menghadapi tantangan industry 4.0, SMPIT Baitul Muslim Lampung Timur memiliki kurikulum yang mampu menyeimbangkan antara ilmu agama, pengetahuan dan teknologi. Yang didukung oleh tenaga pendidik lulusan dari universitas negeri dan swasta didalam maupun luar negeri. 

Untuk menciptakan suasana pembelajaran yang inovatif, menarik dan menyenangkan, SMPIT Baitul Muslim Lampung Timur memiliki ruang belajar yang nyaman, Laboratorium IPA, Laboratorium Komputer, masjid sekolah dan masjid asrama, lapangan futsal dan basket, asrama yang nyaman, lingkungan sekolah yang strategis, dan sarana prasarana pendukung lainnya.